官吏和百姓到京师申诉，陈耽和曹操上书：“公卿的检举，大都包庇各自的私党，是所谓‘放鸱枭而囚鸾凤’。”

其言忠切，汉灵帝因此责备许戫和张济，并将因谣言而被问罪的官员全部拜为议郎。

而后，东汉朝政日益腐败，曹操知道无法匡正，便不再进言。

中平元年（184年），黄巾起义爆发，曹操被拜为骑都尉，受命与左中郎将皇甫嵩等人合军进攻颍川的黄巾军。

右中郎将朱儁先到，与黄巾军波才部作战，失败，皇甫嵩退守长社。

面对波才的围困，趁夜纵火出击，使黄巾军惊乱后撤。

此时，曹操率军赶来，联合皇甫嵩、朱儁大破黄巾军，斩首数万级。

不久后，曹操调任济南国国相，在任内治事如初。

济南国有县十余个，各县长吏多依附贵势，贪赃枉法，无所顾忌，曹操之前历任国相皆置之不问。

曹操到职，大力整饬，一下奏免十分之八的长吏，济南震动，贪官污吏纷纷逃窜。

“政教大行，一郡清平”，而当时正是东汉政治极度黑暗之时。

朝廷征还曹操为东郡太守，拜为议郎。

曹操不肯迎合权贵，遂托病回归乡里，春夏读书，秋冬弋猎，暂时隐居了。

当时天下纷乱，发生了冀州刺史王芬联合南阳许攸、沛国周旌等地方豪强，谋划废黜灵帝立合肥侯的事件。

王芬等人曾希望曹操加入他们，但被曹操拒绝。

曹操在推辞的理由中说：“废立皇帝是天下最不祥的事了。古时有衡量轻重、计算成败而后施行的人，伊尹、霍光便是如此。这两个人都怀着至忠的诚心，以宰相的地位，凭借执政大权，加上同众人的愿望一致，故此能实现计划，成就大事。如今，各位只看到他们当初的轻而易举，而没有看到现在的困难。用这种非常的手段，想一定达到目的，难道不觉得危险吗？”

后来，王芬果然事败自杀。

又有西北金城郡的边章、韩遂杀死刺史和太守，率兵十余万反叛朝廷，天下为之骚动。

中平五年（188年）八月，汉灵帝为巩固统治，设置西园八校尉，曹操因其家世而被任命为八校尉中的典军校尉。