明军夺取甘棠渡，下一个目标就是严关。

广西北部有两大雄关，一为严关，位于越城岭上，在桂林西北部，属兴安县。另一为镇峡关（龙虎关），位于都庞岭上，在桂林东南部，属恭城县。

历来中原王朝从陆上进攻岭南，主要有三个方向，一为严关，二为镇峡关，三为梅关。梅关位于大瘐岭上，在广东北部。

越城岭、都庞岭、大瘐岭等山脉构成了险峻的五岭，隔绝岭南与中原。广东富庶，广西兵强，若能好好经营岭南，退足以割据自立，进足以进取中原。

因此，对于南明来说，确保严关和镇峡关的安全至关重要。特别是严关，有灵渠沟通湖南的湘江、广西的渡江，方便转运粮饷，为兵家必争之地。至于镇峡关，交通不如严关便利，军头曹志建亦已在镇峡关经营多时。

清军先是在桂林遭受大败，接着又失守甘棠渡。明军本该乘胜追击，但何腾蛟调度无方，粮草不济，只得分清军辎重以充军用。

诸军争饷，焦琏的桂兵、赵印选的滇兵、熊兆佐的楚兵互不相让。何腾蛟威望不够，不足以节制各军，反攻接连推迟。

诸军借口处理战俘、清剿残敌，浪费了宝贵的十几天时间。直到三月十日，明军才过大榕江（今融江），逼近严关。

孔有德特重焦琏，派人游说焦琏投降，许以侯爵。焦琏斩杀使者，三军为之震动。

清军在桂林损失惨重，士气大衰。孔有德汲取了桂林之战的教训，把汉军八旗排在前列，出严关接战。

明军经过桂林大捷，将士信心大涨，敢于渡过大榕江，背水列阵。严关附近的团勇亦踊跃参战，以报清军屠城之仇。

短短两年间，严关几次易手。年初，郝永忠弃全州，清军趁虚占领严关。何腾蛟督军争夺，两军围绕严关展开了惨烈的厮杀。