续昌先带着五营防军同着吴大澄入朝，打着的旗号是“切实调查防军入宫与日军交火的实在情形”。因为法国舰队自打摧毁福建水师后，非常猖狂，致使沿江海各码头防务吃紧。庆裕刚到朝鲜便接到圣旨，命其迅速回国配合李鸿章筹备北洋防务。庆裕回国，朝廷只好改派续昌入朝办案。吴大澄是个清流，做事很有雷厉风行的劲头。他一到朝鲜，为了显示查案的决心和公正，先把三营驻朝防军接管过来。然后便把日本公使竹添进一郎请进大营，会同马建忠、陈树棠、吴兆有、袁世凯一起，动问事发当天的实在情形，以及到底是谁开的第一枪。一见吴大澄软的形同一摊烂泥，竹添进一郎马上便换了一副极其凶狠的中山狼面目，大声说道：“鄙人带兵进宫是受韩王邀请，贵国军队为什么要向我们开枪？”袁世凯拍案而起，厉声喝问：“竹添公使，你说你进宫是受韩王邀请，你能拿出证据吗？——据我所知，你是受金玉均等开化派的蛊惑，才带兵进宫的。”竹添冷笑一声站起身来，命同来的使馆参赞打开护书，拿出一张纸来。竹添把纸递给吴大澄，说：“这是韩王与王妃当天写给本公使的照会，你们看看吧。我们此次一共死了二十名军兵，应该怎么办，鄙人等着你们的正式答复。”袁世凯用鼻子“哼”一声说道：“据本人掌握的情况，贵军一共才死了两名士兵，怎么到你嘴里，竟然变成了二十名？”竹添大叫道：“两名和二十名有什么区别？不都是人命吗？人命关天，贵国必须明确答复！”吴大澄至此才看清了日本人的真实面目，是想借机生些事端出来。至于满嘴胡言乱语的竹添，简直就是个无赖！事情已经非常清楚，但吴大澄仍不想就此收手，继续往下查案。这样一来，不费周折就查出了袁世凯私扣军火的事。按着这个思路再往下查，马上又查出袁世凯克扣饷额、吸食鸦片、往军营招妓等事。越查，吴大澄的脸子拉得越长，袁世凯心里的怨气越大。闹了半天，朝廷打发吴大澄入朝，不是为了调查中日交火的事，原来是为了查我袁某人：我冒死替韩王戡乱，不仅无功，反成罪人了？去你娘的蛋吧，袁某人不干了！主意打定，当天就收拾行装，然后打发人向吴大澄告了个假，乘便船就回了国。时间是光绪十年年底（1885年初），袁世凯虚岁二十六岁，实际才二十五岁。吴大澄急忙把袁世凯告假和日本人的态度用电报的形式报告给李鸿章。李鸿章经过与幕僚商量，马上向吴大澄明确了四点办案步骤：1、原则上以查办“乱党”为主，不与日本人闹僵，亦不与日本开衅；2、由袁保龄负责调动方正祥（庆军正营参将）一营赴韩，驻守马山浦；3、由丁汝昌率超勇、扬威两快船，驶往马山浦，支援陆军；4、由丁传谕袁世凯、吴兆有等，不得妄动，等候查办。李鸿章这么做，不过是怕法日联手，共同对付中国。日本也很看重日中有关朝鲜的这次交涉，当时日本国内群情激昂，大家都对竹添公使的失策感到不满。有人甚至向外务省长官井上馨提出把竹添免职的要求，希望能利用这次机会与法国联手，狠狠教训一下大辫子中国。美国与英国、法国的驻日公使一看机会难得，也马上纷纷行动，怂恿日本对中国开战，还说必胜无疑。一时间，对中国开战的论调响彻云霄。日本的情形，都被中国驻日公使黎庶昌通过各种形式报告给了李鸿章。当时中法战事正酣，李鸿章可不能上日本人的当。伊藤博文此时已回国出任内阁首相，外相由井上馨担任。他二人此时是何种心态呢？他们此时已经达成一致：不管美、英等国是何种态度，只要中国“保障朝鲜国独立”，他们就尽力避免与中国作正面冲突，愿意和平解决。这时，太政官大书记官伊东已代治又进言：暂且不论变乱曲直或竹添的责任，先派大员赴韩处理善后问题。伊藤博文于是把一切都放下，先打发井上馨赴韩，辅佐竹添开展对华、对韩的交涉谈判工作。吴大澄直到现在也没有真正看穿日本人的心思，仍日夜担心日法联手共同对付中国。吴大澄要对袁世凯下手，其实是想讨好竹添，因为竹添此时最恨袁世凯。吴大澄甚至天真地想：只要袁世凯倒了，竹添肯定就高兴了；竹添一高兴，估计就不会再对中国开衅了。

对袁世凯已经告假回国这件事，李鸿章只给了吴大澄三个字：放一放。不说查，也不说不查，暂且放一放。吴大澄心知肚明：李鸿章这么做，无非是想保护袁世凯。大清国的事情最怕放，一放，基本就烟消云散了。吴大澄却不想就此放过袁世凯，他给李鸿章打电报，说：别的事可以不查，但袁某人克扣军饷、军营招妓的事却不能不查。李鸿章没有回电，分明是对一些鸡毛蒜皮的事不感兴趣。吴大澄有些慌了，他怕放过袁世凯日本人不答应。竹添仿佛看透了吴大澄的心思，从袁世凯离开朝鲜的当天起，他与井上毅和吴大澄再谈判时，就开始公开指责袁世凯了。不仅把一切责任都转嫁到袁身上，还说袁世凯打着戡乱的旗号进宫，就是要袭击日军，否则日兵不可能有这么大的伤亡。井上馨与竹添一唱一和，要求吴大澄奏明国内，严惩罪魁祸首袁世凯，撤退中国驻韩军队，派钦差到日本向天皇及死难者家属谢罪。更可气的还有朝鲜君臣，一会儿帮着日本人说话，指责中国驻防军多管闲事，还说就因为中国驻防军进宫乱放枪，把国王李熙的胆子吓破了，已经卧床休养多日；一会儿又说袁世凯的确罪大恶极，敢当着国王的面扇宫女的耳光，致使该宫女的嘴角至今还在淌血。出尔反尔原本就是朝鲜小朝廷的拿手好戏，吴大澄懒得理他们，只与日本人对话。吴大澄见竹添把话说得与先前大不一样，忙问一句：“据本官所知，敝军进宫前，曾有信送达，贵公使也承认了这点。这该不会错吧？”竹添脸一红，答：“的确有一封信送到，但未及拆阅，贵军的枪炮已经轰鸣起来。这不是有意要与我军开衅吗？”吴大澄急忙加问一句：“据本钦差所知，事发当天，贵国侨眷被百姓所围，是袁司马派兵送至仁川。若袁司马有意要与贵国开衅，他为什么还要保护贵国侨眷？”竹添一见吴大澄并非他想的那样熊包，所问之言句句入骨，登时有些发窘。井上馨马上接口，说：“贵国袁某居心叵测，他做的每一件事都是有预谋的。他如果理直，为什么要告假回国？他敢回来与我们对证吗？”吴大澄听竹添、井上馨二人说话越来越离谱，一时被搅得头昏脑涨，只好给袁世凯发电，把竹添和井上馨的指责复述一遍，命其从速答辩；又和北洋水师提督丁汝昌相商，请其派军舰把袁追回。吴大澄是钦差，丁汝昌不好硬抗，转日就给各口发了电报，又背着吴大澄向李鸿章请示机宜。李鸿章长叹一口气，发电给沿途各口，命袁世凯重返朝鲜接受调查。袁世凯很快回到汉城军营，当天就按着吴大澄的吩咐，致书竹添、井上馨二人，对二人的无理指控，逐条给予驳复：“弟等以为邪臣作乱，敢拒天兵，故而施放小枪，自为捍御，初不知先发枪炮者，即贵公使为之也。且云赠书未及拆封，我兵闯入，夫兵家之情，瞬息万变，贵公使朝奉我书，日夕不觉，以此为词，弟所不解。”袁世凯在文中所提之“贵公使朝奉我书，日夕不觉”，可谓一语中的，戳穿了竹添的一切谎言。一见袁世凯又出现在谈判桌前，竹添和井上馨在短时间内没有做更深一步的指责。伊藤博文一见局面对本国不利，马上又加派素有辩才之称的栗野慎一郎赴韩，为日中、日韩谈判增加筹码。初始，因不知吴大澄的意图，吴兆有、张光前还替袁世凯分担一些责任。后见袁世凯越陷越深，日人对他的攻击、恶意中伤越来越狠，二人于是就开始把所有的事情都推到袁的身上。吴大澄听之任之，不讲一句公道话，这就导致袁世凯对吴大澄很是不满，认为照此交涉下去，有理的事也要变成无理。袁世凯决定绕开吴大澄，亲自给李鸿章写封信，把朝鲜事变及中日交兵的实际情形详细复述一遍，把谈判调子改过来。袁世凯在信中这样写道：“朝鲜君臣为日人拨弄，执迷不悟，每浸润于王，王亦深被其惑，欲离中国，更思他图。探其本源，由法人有事，料中国兵力难分，不唯不能加兵朝鲜，更不能起衅俄人。乘此时机引强邻自卫，即可称雄自主，并驾齐驱，不受制中国，并不俯首他人。此等意见，举国之有权势者半皆如是，独金允植、尹泰骏、闵泳翊意见稍岐，大拂王意，王浸疏远。似此情形，窃虑三数年后，形迹必彰。朝鲜屏藩中国，实为门户关键，他族逼处殊堪隐忧。该国王执拗任性，日事嬉游，见异思迁，朝令夕改。近时受人愚弄，似已深信不疑，如不设法杜其鹜外之心，异日之患实非浅鲜。卑职谬膺重任，日思维系，不避艰险，竭力图维。初犹譬喻可悟，自中法兵端既开，人心渐岐，举止渐异，虽百计诱导似格格难入。日夕焦灼，寝兴俱废，大局所关，不敢壅于宪听。近闻福州、台湾同时告警，东洋讹传最多，韩人不久必又有新闻，鬼蜮之谋益难设想。外署虽与日人不睦，而王之左右咸用其谋，不知伊于胡底也。”袁世凯向李鸿章反映的都是实情。日本朝夕想着把韩国据为己有，但李熙每日照常与宫女打逗，戏耍，有时还认贼作父，把保护他的中国人当成了仇家。袁世凯的信交丁汝昌派船送回。李鸿章读过吴大澄的禀复和袁世凯的信后，马上对年轻的袁世凯又有了重新的认识。李鸿章认为袁世凯在处置朝鲜政变时，头脑清晰，行动果敢。这时，身兼北洋海防营务与旅顺港坞工程总办的袁保龄，又给李鸿章寄了一封私信，言称“愚侄世凯愚钝顽暝，做事鲁莽，深负宪恩”，请李鸿章看在自己的薄面上，从宽发落于他。袁保龄是咸丰、同治年间漕运总督袁甲三的次子，是袁世凯的叔父，也是李鸿章身边比较得力的能员之一。袁保龄说了话，李鸿章自然还要高看袁世凯一眼。思考了几天，李鸿章给总理衙门写了这样一封公函：袁（世凯）、吴（兆有）“所言系二十一以后的事，而前后情形可参观大略。以日本一面回护之词，不足凭信。据称日兵先放枪，我军死伤四十余人，在我数足相抵，理非不直。至云日人自焚使馆，虽未必确料，因朝民不服閧闹，……是必与华军无干矣。”这封信虽然不长，但却把袁世凯的责任摘了个干干净净。何况用四十人抵二人，日本不仅无亏，还大赚特赚。当日本驻华公使又到总理衙门去搅闹时，奕劻便拿出李鸿章的调查报告和写给总署的这封公函相辩论。吴兆有、张光前把责任全部推给袁世凯，于情于理都说不过去。试想，论地位官位，袁世凯在吴兆有之下；论资历，他又不及张光前。尽管袁世凯有专断跋扈的毛病，但若没有吴兆有、张光前二人的同意，他是调不动防军的。吴大澄对这些都心知肚明，但就是不肯为袁辩解。张謇曾为此专门致书袁保龄，说：“慰亭任事非不勇，治事非不勤，而时时杂以世故客气之习，故举动辄不胜有识之求，而其材固公家谢幼度也。方戍乱国，幸属慎之。”应该承认，张謇的这段话，对袁世凯还是比较中肯的评语。这期间，吴大澄又经吴兆有揭发，查出袁世凯的另一件对袁本人很不利的事：被开化派戕杀的闵台镐、尹泰骏、赵宁夏等六人，既是事大党的首要人物，又是袁世凯的心腹。袁顾念旧情，在平乱之后，决定重恤遗属。一听要往外拿银子，昏庸透顶的李熙只出棺材钱，抵死不拿恤银，仓促之间，袁世凯未经吴兆有同意，便从军营粮台挪用了一笔银子急需。事定之后，为了平账，袁世凯不得不把这笔额外支出的银子，禀请李鸿章“作正开销”。现在一见袁世凯深陷内忧外困地步，粮台慌忙把这件事密告给吴兆有，还很委屈地说：“司马大人总理营务处，他老吩咐怎么办，卑职不敢不照办。”

吴大澄当日就把吴兆有的揭发电转给李鸿章。李鸿章无奈，只好札饬吴兆有：“责令该管带，借用之饷，照数赔补。”吴兆有拿上电报就找到袁世凯，装作很替袁不平的样子说：“钦差大人也不知怎么知道了老弟借用军饷的事，看看，这是傅相的电报，让老弟照数赔补。老弟以后还怎么干下去？这件事，老哥早晚要替老弟喊把冤。”袁世凯收下电报，默然无语，心里想的却是：“看样子，朝鲜是不能再干下去了。”临走，吴兆有又和袁世凯明确了一下还款时间。

这时，朝鲜在美国驻汉城公使的调停下，已经彻底向日本屈服，并与日本签订了一面倒的《汉城条约》：朝鲜致国书向日本道歉；支付十一万元作为日本被害者家属抚恤费和财产损失的赔款；二十日内逮捕和严惩杀害日本人的凶手；支付建筑费二万元，重建日本公使馆和兵营。还有别的条件，此不一一列举。把朝鲜搞定，日本开始全力以赴对付中国。