到了江宁之后，袁世凯命吴凤岭把家眷先护送到河南陈州老宅居住，他则只身来见两江总督刘坤一。刘坤一为了了解战事，向袁世凯详细询问了日本海军的作战能力，以及日本陆军的枪械、兵额等情况。袁世凯一一作了回答。最后，刘坤一这样对袁世凯说道：“看样子，倭寇是有备而来，不把朝鲜图到手，他是不会善罢甘休的。慰亭，你这次回来，大概是回不去了，有何打算啊？”

袁世凯答：“晚生以后如何，需要见过北洋李傅相之后才能决定。”

刘坤一说：“你人还未从朝鲜动身，你的事就已传遍两江。说东学党的人为了要你的命，曾经三次潜入公署欲行不轨。是不是真的呀？”

袁世凯摇头说道：“不光东学党匪想要晚生的命，连倭寇和大院君，也想置慰亭于死地。大鸟圭介真是太坏了，明着一套，暗着一套，否则，局面不会如此被动！——想起来，晚生真是太大意了，上了倭寇一个大当！”

刘坤忽然问一句：“慰亭，你说倭寇的海军，当真强过我北洋水师？照这么说，前景不是很堪忧吗？”

袁世凯默默点了点头。

和刘坤一别过，袁世凯在江宁只住了一夜，便匆匆赶往天津。

李鸿章此时正处在他人生的低谷期。进入朝鲜境内的清军，在袁世凯还未抵达天津时，就已被日军全线击败，在死亡近两千人，被俘五百余人之后，一路狂奔五百里，逃至鸭绿江边，于21日渡鸭绿江回国。中日双方海军随后便是生死对决的黄海海战。海战历时五个多小时，其规模之大，时间之长，为近代世界海战史上远东战区所罕见。

海战的结果：北洋舰队损失“致远”“经远”“超勇”“扬威”“广甲”（“广甲”逃离战场后触礁，几天后被自毁）五艘军舰，死伤官兵千余人；日本舰队“松岛”“吉野”“比睿”“赤城”“西京丸”五舰受重创，死伤官兵六百余人。此役北洋水师虽损失较大，但并未完全战败。然而李鸿章为了保存实力，命令北洋舰队躲入威海卫内，不准巡海迎敌。日本于是夺取了黄海的制海权。

为防日军陆军从鸭绿江侵入中国境内，清政府紧急从各部抽调两万八千人，在江北设防，钦命提督宋庆为诸军总统。为各路人马转运粮饷，李鸿章特加委袁世凯的父交、时任直隶按察使的周馥，为东征前敌营务处总理。得知周馥总理前敌营务，刚刚离开两江的袁世凯，马上给在凤凰城的周馥密电一封，说明自己已经奉命回国，正在赶往天津的途中，请周馥预为筹措位置，免入候补行列。如此一来，袁世凯人刚到天津，周馥举荐袁世凯襄办前敌营务的密函，也摆到了李鸿章的案头。

在直隶总督天津行辕的签押房，袁世凯向李鸿章扼要讲述了一下中日在朝鲜开衅的经过，以及后期自己和公署人员的危险情形。李鸿章默默无语，许久才长叹一口气：“倭寇海军实力，早在两年前，就已经超过我北洋水师了。他们的陆军所使用的枪炮，都是目前西欧各国最先进的。我北洋水师已经多年不购新船，军舰所需炮弹也很有限。我三年前就奏请更换所有防军枪械，可惜无人理睬。尤其是皇上亲政以后，更是唯翁同龢一人的话是听。此次若非翁同龢上蹿下跳，局面何至如此被动！”

袁世凯说：“晚生行前，少川对我说，我与倭寇之战，本不该发生。实因朝中好大喜功之辈怂恿所致。中堂有言，清流误国，晚生此次才有切身感受。”

李鸿章从桌上拿起一封密函，说：“本该让你歇几天，怎奈事机日迫，刻不容缓。玉山臬台现在凤凰城总理前敌营务，一个人忙不过来，你明天就去凤凰城，帮他料理一下营务，同时暗查一下沿途粮饷转运情形。你下去吧，老夫一会儿着案上把札委给你送去。”

奉到差委，袁世凯带着驻朝鲜时的原班卫队，李鸿章又从直隶防营抽调了百十名精悍之士，凑成二百人，飞赴凤凰城来见周馥。周馥一见袁世凯赶到，稍事寒暄，便开始给袁世凯分派任务。

周馥说：“慰亭，现在到处有倭寇强渡鸭绿江传闻。”说着话，周馥从桌上拿起一张纸递给袁世凯，“你看看，这是倭寇发布的檄文，估计是收买的间谍所散发。”

袁世凯接过一看，见纸上明晃晃写着‘开诚忠告十八省之豪杰’。